船舶衛生證書是國際航行船舶必須具備的衛生證書，取代了之前作廢的《除鼠證書/免予除鼠證書》。該證書的內容包含病媒生物防控、環境衛生監督、醫療設備維護等衛生方面情況的檢查。這些檢查的工作規范是依據世界衛生組織《國際衛生條例（2005）》《中華人民共和國國境衛生檢疫法實施細則》等法律法規所制定的。

申請船舶衛生證書的過程中，船方主動申請辦理或海關在檢疫查驗過程中發現不具備有效船舶衛生證書的船舶，應由其負責人或代理人填寫《船舶免予衛生控制措施證書/船舶衛生控制措施證書申請書》，向海關申請辦理。海關在接受申請后，根據船舶類型、靠泊時間、在港作業計劃等情況合理安排檢查時間和地點，組成檢查小組。

船舶現場衛生檢查是一個全面的過程，包括查閱文件、直觀檢查、儀器檢測等形式對船舶衛生狀況進行全面檢查和評估。檢查內容包括船員和旅客的健康狀況，廚房、食品儲藏室和倉庫的衛生狀況，飲用水的來源和質量，住艙區及甲板的衛生狀況，醫療設施的配備和管理，貨艙（貨物）的衛生狀況，垃圾、固體和醫療廢棄物、排泄物的處理，機艙的衛生狀況，壓艙水的管理，以及其他可能存在的衛生問題。

根據檢查結果，有下列情形之一的，必須實施衛生控制措施，簽發《船舶衛生控制措施證書》：發現傳染病病人；發現鼠患，或其他媒介生物超過控制標準的；發現化學、生物、核輻射污染證據；發現有證據表明存在其他公共衛生風險，海關認為需要實施衛生控制措施的。對沒有上述情況的船舶免予實施衛生控制，簽發《船舶免予衛生控制措施證書》，同時應將檢查中發現的問題及改進意見在證書上標注或告知船方。

船舶衛生證書的最長有效期為6個月。如不能在港口進行檢查或執行必要的控制措施，而且未發現感染或污染的證據，則可在原《船舶免予衛生控制措施證書》上加蓋延期章，將其有效期延長1個月。船舶衛生證書的所有項目應填寫齊全、規范，并有授權簽字人簽名和海關檢驗檢疫中英文簽證章。證書正本交給船方，副本、申請書、檢查記錄等資料由海關歸檔，歸檔期限為1年。

船方向交通工具進出口岸海關審批窗口提交所需書面材料，現場辦理。海關現場檢查一次，檢查合格后簽發船舶免予衛生控制措施證書；如發現公共衛生風險證據，則采取控制措施并進行復查，合格后簽發船舶衛生控制措施證書。此項服務不收費。