在處理海關拍賣和隨后的費用抵扣問題時，關鍵是了解各方面的法律責任和費用結算順序。這里的關鍵問題涉及到拍賣后價款的分配以及費用的優先級。

1、海關拍賣目的： 海關拍賣通常是為了收回因貨物滯留所產生的公共費用，包括港口費用、倉儲費用等。這些費用通常由于貨物未能及時清關而累積。
2、拍賣收入的使用： 拍賣得到的收入首先用于支付海關和港口的相關費用。這包括倉儲費、滯納金、以及其他可能由于貨物滯留所產生的費用。
3、剩余金額的處理： 如果拍賣后還有剩余的款項，這部分錢理論上應當返還給貨物的原所有者，即貨主。這部分款項是否能夠用于支付集裝箱超期費用，取決于相關法律規定及涉及各方的具體協議。

1、費用性質： 集裝箱超期費用是船運公司對于使用其集裝箱超出預定時間的額外收費。這種費用通常與貨物是否成功清關無關，而是基于租用集裝箱的時間長度。
2、支付責任： 責任方通常是貨物的發貨人或收貨人，具體取決于運輸合同或貿易條款。在大多數情況下，這是與船運公司直接相關的合同義務。
3、協商解決： 如果海關拍賣后的剩余款項不足以覆蓋所有費用，或者根據法律規定不能用于支付集裝箱超期費用，那么這部分費用需要通過與船運公司的協商來解決。在一些情況下，船運公司可能會同意減免部分費用或允許分期付款。

建議操作
(1) 法律咨詢：建議咨詢專業的法律顧問，了解希臘當地法律對于海關拍賣收入的使用規定，以及集裝箱超期費用的法律責任。
(2) 與船運公司協商：主動與船運公司溝通，說明情況，尋求費用減免或延期支付的可能性。
(3) 審查合同：復查與船運公司以及貨物賣方的合同條款，確認超期費用的責任方和支付條件。

通過以上措施，可以更合理地管理和應對由于貨物滯留所產生的復雜費用問題。